Amrita Vishwa Vidyapeetham, Amritapuri Campus
Archive for October, 2010
1000 Genomes Project – A Look Into The First Result
Oct 29th
4.9 trillion Number of letters of data sequenced by the 1,000 Genomes Project so far and the pilot results reveal around 15 million single nucleotide polymorphisms (SNPs)
What makes you you, and not somebody else? A groundbreaking international study seeks to uncover the genetic basis of individual difference, as well as find genetic links to disease, by sequencing and comparing the genomes of thousands of individuals from around the world. In a the sequel to one of the most astonishing scientific achievements of the past century and a technical tour de force involving the cataloging of 4.9 trillion letters of human DNA code – enough to fill 300,000 copies of War and Peace, the 1000 genome project published its first result of a map of genetic variations in humans. The article is published in the journal Nature this week.
The 1000 Genomes Project is a collaboration among research groups in the US, UK, and China and Germany to produce an extensive catalog of human genetic variation that will support future medical research studies. The goal of the 1000 Genomes Project is to find most genetic variants including SNPs and structural variants, and their haplotype contexts that have frequencies of at least 1 per cent in the populations studied. The $120m (£75m) project, involving hundreds of scientists in an international collaboration of universities, charities and companies, is using advanced gene-sequencing technology to map out the full diversity of human DNA.
“The 1000 Genomes Project map fills in the gaps between the HapMap landmarks, helping researchers identify all candidate genes in a region associated with a disease,” said Lisa Brooks, Ph.D., program director for genetic variation at the National Human Genome Research Institute, a part of the National Institutes of Health. “Once a disease-associated region of the genome is identified, experimental studies must be done to identify which variants, genes, and regulatory elements cause the increased disease risk. With the new map, researchers can just look up all the candidate genes and almost all of the variants in the database, saving them many steps in finding the causes.”
The pilot phase consisted of three projects. The first sequenced the whole genomes with low coverage of 179 individuals from populations in West Africa, Europe, China and Japan.
The second project collected high-coverage sequences of two families, including the mother, father and child.
The third project sequenced only the protein coding regions of the genomes of 697 individuals.
Results:
The pilot results reveal around 15 million single nucleotide polymorphisms (SNPs), many of which were already known but many were also previously unknown.
Around one million were short insertions or deletions, and 20,000 were structural variants, most of which were previously undescribed.
On average each person carries around 250 to 300 loss-of-function variants, including 50 to 100 that are associated with disease.
The study has so far proven fairly comprehensive, with over 95 per cent of known variants, such as SNPs, included in this data set.
The improved map produced some surprises. For example, the researchers discovered that on average, each person carries between 250 and 300 genetic changes that would cause a gene to stop working normally, and that each person also carried between 50 and 100 genetic variations that had previously been associated with an inherited disease. No human carries a perfect set of genes. Fortunately, because each person carries at least two copies of every gene, individuals likely remain healthy, even while carrying these defective genes, if the second copy works normally.
In the next phase of the 1,000 Genomes Project, 2,000 samples from 27 populations around the world will be studied over the next two years. David Altshuler of Massachusetts General Hospital and a co-author of the Nature paper said that, with successive phases and more sequences, the catalog of human genetic variation, which currently contains 95% of the possible differences, will improve. “We see these numbers going to 98%. By the time the 1,000 Genome Project is done, each person who has their genome sequenced, greater than 95% – maybe even 98%-99% – of the variation in that person would already be in the database and could be referenced back. Around 1%-2% of the variation would be unique to that individual and not in that database.”
The Genome in Numbers:
3bn Number of DNA letters in the human genome (200 volumes the size of a telephone book, which has around 1,000 pages)
20,000-25,000 Number of genes in the genome (though not all scientists agree)
2000 Year the first draft of the human genome was announced to much fanfare at the Clinton White House
2003 Final draft completed to 99.99% accuracy
2500 Number of people whose genomes the 1,000 Genomes Project hopes to sequence
15m Number of single-letter changes identified in the pilot phase
1m Number of small insertions and deletions identified in the pilot phase
4.9 trillion Number of letters of data sequenced by the 1,000 Genomes Project so far
In the short film below, Drs Richard Durbin from the Wellcome Trust Sanger Institute, co-Chair of the consortium and Chris Tyler-Smith describe the key findings and significance of the pilot phase of the 1000 Genomes Project.
1000 genomes project (Click to go to the video)
Courtesy: Lifescientist.com, guardian.co.uk, National Human Genome Research Institute (genome.gov) and The 1000 Genomes Project Consortium (http://www.1000genomes.org), sciencedaily.com
അമ്മിണി
Oct 27th
ഇപ്പോഴും മഴപെയ്യുമ്പോള് ഞാന് അവളെ കുറിച്ച് ഓര്ക്കുമായിരുന്നു.ഒരുപാട് ഋതുക്കള് പിന്നോക്കം പോയി വള്ളി ടൗസറുമിട്ട് സദാനേരവും വികൃതികുട്ടനായിരിക്കുന്ന നാലാക്ലാസുകാരനാകും ഞാന് അപ്പോള്.പൊട്ടിയ ഓടിന്റെ വിടവിലൂടെ വരുന്ന പ്രകാശം കൈവെള്ളയില് പതിപ്പിച്ച് സന്തോഷിക്കുമ്പോള് തൊട്ടടുത്ത ബെഞ്ചില് അത് കണ്ട് രസിച്ചിരുന്ന ഒരു കൂട്ടുകാരി എനിക്കുണ്ടായിരുന്നു-അമ്മിണി.അമ്മിണി മിടുക്കിയായിരുന്നു.നന്നായി പഠിക്കും.ടീച്ചര് ചോദിക്കുന്ന ചോദ്യങ്ങള്ക്കൊക്കെ ഉത്തരം പറയും.പരീക്ഷകള്ക്കും അവള്ക്ക് നല്ല മാര്ക്കുണ്ടായിരുന്നു.
എന്റെ അപ്പുറത്തെ ബെഞ്ചില് ഇരുന്നതുകൊണ്ടാകണം ഞാന് അമ്മിണിയെ ശ്രദ്ധിച്ചു തുടങ്ങിയത്.അവള്ക്ക് കൂട്ടുകാരൊന്നും ഉണ്ടായിരുന്നില്ല.അമ്മിണി ആരോടും അധികം സംസാരിക്കുന്നതായി ഞാന് കണ്ടിട്ടില്ല.ചിരി വിരിയാത്ത ആ കുഞ്ഞ് മുഖത്ത് എപ്പോഴും വിഷാദ മേഘങ്ങള് മൂടിയിരിക്കുന്നതായി ഞാന് കണ്ടു.പക്ഷെ അപ്പോഴൊന്നും അവളോട് മിണ്ടാനുള്ള ധൈര്യം എനിക്കുണ്ടായിരുന്നില്ല.
ഉച്ചയ്ക്ക് ഞങ്ങള് ചോറു കഴിക്കുന്ന സമയത്ത് അമ്മിണി ക്ലാസില് നിന്നും അപ്രതിക്ഷയാകുമായിരുന്നു.പക്ഷെ ചോറുണ്ടിട്ട് കൈകഴുകി വരുമ്പോള് ക്ലാസിന്റെ ജനാലയ്ക്കരികില് പുറത്തേക്ക് നോക്കി അമ്മിണി നില്ക്കുന്നത് ഞാന് കണ്ടു.ഞങ്ങള് ചോറുണ്ണുമ്പോള് അമ്മിണി എവിടെ പോകുന്നു എന്നറിയാന് ഞാന് ഒരു ദിവസം തീരുമാനിച്ചു.ഉച്ചയ്ക്ക് ചോറുണ്ണാന് വിട്ട നേരം ക്ലാസിനു പുറത്തേക്കിറങ്ങിയ അമ്മിണിയുടെ പിന്നാലെ അവളറിയാതെ ഞാനും കൂടി.അവള് സ്കൂള് മൈതാനത്തിന്റെ ഒരു ഒഴിഞ്ഞകോണിലേക്കാണ് നടന്നത്.അവിടെ ഒരു അരളി മരം ഉണ്ടായിരുന്നു.അതിനു ചുവട്ടില്,പുല്ത്തകിടിയില് അവള് ഇരുന്നു.അമ്മിണി തറയില് കിടന്നിരുന്ന അരളിപൂക്കള് ശേഖരിക്കുന്നത് ഞാന് കണ്ടു.ഞാന് അവളുടെ അടുത്തേക്ക് ചെന്നു.
“അമ്മിണി എന്താണ് ഇവിടെ വന്നിരിക്കുന്നത്.?”-ഞാന് ചോദിച്ചു.
അപ്പോഴാണ് അവള് എന്നെ കണ്ടത്.പക്ഷെ എന്നോട് ഒന്നും മിണ്ടിയില്ല.
“അമ്മിണി എന്നോട് മിണ്ടില്ലേ..?ഉച്ചയ്ക്ക് എന്താണ് ചോറു കഴിക്കാത്തത്.?”
ഞാന് പിന്നെയും ചോദിച്ചു.പിന്നെയും അവള് മൗനം പാലിച്ചു.
“ഈ പൂക്കള് ആര്ക്കാണ്.?”
“എനിക്ക് വിശപ്പില്ല” -എന്ന് മറുപടി നല്കികൊണ്ട് അമ്മിണി അവിടെ നിന്നും എണ്ണീറ്റുപോയി.
അന്നേ ദിവസം എനിക്ക് അമ്മയുടെ കൈയില് നിന്ന് തല്ലു കിട്ടി,ഉച്ചയ്ക്ക് കൊണ്ടുപോയ ചോറു തിന്നാത്തതിന്.ചോറിനു പിന്നിലെ കഷ്ടപ്പാടുകളെകുറിച്ച് അമ്മ എന്റെ മുന്നില് ഒരു ചെറു പ്രസംഗവും നടത്തി.
അടുത്ത ദിവസം അരുളിചെടിയുടെ ചുവട്ടിലിരുന്ന അമ്മിണിയെ ചോറുണ്ണാന് ഞാന് ക്ഷണിച്ചു.അവള് ഒന്നും മിണ്ടാതെ എണ്ണീറ്റുപോയി.പക്ഷെ കുറേ ദിവസം ഞാനിത് ആവര്ത്തിച്ചപ്പോള്,എന്റെ ശല്യം സഹിക്കവയ്യാതായപ്പോള്,എന്നെ ഒഴിവാക്കാന് പറ്റത്തില്ല എന്നു മനസ്സിലായപ്പോള് അവള് എന്നോട് സംസാരിച്ചു തുടങ്ങി.അന്നു മുതല് ഞാന് കൊണ്ടു വരുന്ന പൊതി ചോറിന് ഒരവകാശി കൂടിയായി.
കഷ്ടമായിരുന്നു അമ്മിണിയുടെ കഥ.എന്റെ കുഞ്ഞുമനസ്സിനെ അത് വല്ലാതെ വേദനിപ്പിച്ചിരുന്നു.അച്ഛനില്ലായിരുന്നു അമ്മിണിക്ക്.അമ്മയ്ക്ക് ചെറിയ പണി എന്തോ ഉണ്ട്.പക്ഷെ അതില് നിന്നുള്ള വരുമാനം അവരുടെ ഒരു നേരത്തിനുള്ള ആഹാരത്തിനുപോലും തികയുമായിരുന്നില്ല.അമ്മിണി അരളിപൂക്കള് ശേഖരിച്ചിരുന്നത് അവളുടെ അനുജത്തിക്ക് വേണ്ടിയായിരുന്നു.വയ്യാതെ കിടക്കുന്ന അവളുടെ കുഞ്ഞനുജത്തിക്ക്..
എനിക്ക് അമ്മിണിയോട് ഒരുപാട് ഇഷ്ടം തോന്നി.ഞങ്ങള് നല്ല കൂട്ടുകാരായി.അവളെപോലൊരു കൂട്ടുകാരിയെ കിട്ടിയതില് ഞാന് അഭിമാനിച്ചു.അമ്മിണിയും സന്തോഷത്തിലായിരുന്നു.എന്റെ വീട്ടില് നല്ല സ്ഥിതി ആയിരുന്നതുകൊണ്ട് എനിക്ക് ആവശ്യത്തിലേറെ പഠനസൗകര്യങ്ങള് ഉണ്ടായിരുന്നു.അതിലൊരു പങ്ക് ഞാന് അമ്മിണിക്ക് കൊടുത്തു.കളര് പെന്സില്,ലൈറ്റ് കത്തുന്ന പേന,നീണ്ട ചുവപ്പ് വരകളുള്ള പെന്സില്-അവയില് പെടും.സ്കൂളില്ലാതിരുന്ന ശനി,ഞായര് ദിവസങ്ങളില് അവളെ കാണാന് പറ്റാത്തപ്പോള് ഞാന് ഒരുപാട് വിഷമിച്ചു.അമ്മിണി ആ ദിവസങ്ങളില് എങ്ങനെ ചോറു കഴിക്കും എന്നായിരുന്നു എന്റെ ചിന്ത മുഴുവന്.
ആയിടയ്ക്കാണ് ശക്തമായി മഴ പെയ്യാന് തുടങ്ങിയത്..കേരളത്തില് തന്നെ ഏറ്റവും ശക്തിയായി മഴപെയ്യുന്ന നാടായിരുന്നു ഞങ്ങളുടേത്.ഒരാഴ്ച വരെ നീണ്ടു നില്ക്കുന്ന ഭീകരരൂപിയായ മഴ.മഴ കാരണം സ്കൂള് പൂട്ടി.വീടിനു പുറത്തുപോലും ഇറങ്ങാന് പറ്റാതായി.പാടത്തും തൊടിയിലുമെല്ലാം വെള്ളം കയറി.പറമ്പിലെ മരങ്ങളില് പലതും തറ പൂണ്ടു.വീട്ടിലെ തൊഴുത്തിന്റെ പകുതിയിലേറെയും ഇടിഞ്ഞു വീണു.അങ്ങനെ നഷ്ടങ്ങള് മാത്രം സമ്മാനിച്ച സംഹാരിയായ മഴ പതിയെ പിന്വലിയാന് തുടങ്ങി.
ഒരാഴ്ച കഴിഞ്ഞ്,ആകാശത്ത് സൂര്യനെ കണ്ടനാള്,സ്കൂള് വീണ്ടും തുറന്നു.ഞാന് വളരെ സന്തോഷത്തോടെ സ്കൂളിലേക്ക് പോയി.മഴ വിശേഷങ്ങള് ഒരുപാട് ഉണ്ടായിരുന്നു മനസ്സില്.എല്ലാം അമ്മിണിയോട് പറയണം.പക്ഷെ സ്കൂളില് ചെന്നപ്പോള് വരിവരിയായി പുറത്തേക്ക് നടക്കുന്ന കുട്ടികളെയാണ് കണ്ടത്.എല്ലാവരും ഉടുപ്പിന്റെ പോക്കറ്റില് കറുത്ത തുണി കുത്തിയിരുന്നു.എനിക്ക് ഒന്നും മനസ്സിലായില്ല.വരിയില് കേറി കൊള്ളാന് ക്ലാസ് ടീച്ചര് എന്നോട് പറഞ്ഞു.ടീച്ചര് തന്ന കറുത്ത തുണികഷ്ണം ഞാന് നെഞ്ചില് കുത്തി.
കവലയും കടന്ന് ഞങ്ങള് നടന്നു തുടങ്ങി.എവിടേക്കാണ് യാത്ര എന്നെനിക്ക് മനസ്സിലായില്ല.പറമ്പും വയലും കടന്ന് ദൂരെ ഒരു ചെറിയ വീടിനു മുന്നില് ഞങ്ങള് എത്തിച്ചേര്ന്നു.അവിടെ ഒരുപാട് പേര് നില്ക്കുന്നത് ഞാന് കണ്ടു.ഞങ്ങളെ ഓരോരുത്തരെയായി ടീച്ചര് വീടിനകത്തേക്ക് കയറ്റാന് തുടങ്ങി.വാതില് പടി കടന്ന് അകത്തേക്ക് കയറിയ ഞാന് നിലവിളിച്ചുകൊണ്ട് പുറത്തേക്കോടിയത് വളരെ പെട്ടെന്നായിരുന്നു.അകത്ത് തറയില് വെള്ളപുതച്ച് കിടത്തിയിരുന്ന അമ്മിണിയെ ഞാന് അവസാനമായി കണ്ടത് അന്നായിരുന്നു.
മഴയോടൊപ്പം അമ്മിണി പോയി.മഴകൊണ്ടുപോടതാണ് എന്റെ അമ്മിണിയെ.ഒരാഴ്ച പനിച്ചു കിടന്ന്,ആരും സഹായത്തിനില്ലാതെ പാവം മരണത്തിലേക്ക് രക്ഷപ്പെടുകയായിരുന്നു.അന്നു മുതലാണ് ഞാന് മഴയേയും മരണത്തേയും ഇത്രയധികെ വെറുക്കാന് ശീലിച്ചത്.
ഇന്ന് ഈ മഴ തോരാന് തുടങ്ങുമ്പോള്,ഞാന് ദൂരെ അവളുടെ ചിരി കേള്ക്കുന്നു,വര്ത്തമാനങ്ങള് കേള്ക്കുന്നു..അവള് കൂടെയുണ്ടായിരുന്നെങ്കില് എന്ന് ആഗ്രഹിച്ചുപോകുന്നു..
അമ്മിണി..നീ എനിക്ക് പ്രിയപ്പെട്ടവള് ആയിരുന്നു..
Maratt.L.T
A Dew Drop…
Oct 23rd
“A dewdrop is a perfect integrity that has no filial memory of its parentage.” Rabindranath Tagore
JACOB’S LADDER
Oct 22nd
JACOB’S LADDER
This is a very simple project you can build.
You will need the following:
1.) Neon transformer or a oil burner transformer (at least 5KV).
2.) Heavy-duty grounded plug/cord. Cords from computers work nicely.
3.) 8 to 12 gauge copper wire. Clothes hangers work nicely when the paint is removed.
4.) Wood for the base and frame.
I used a 12KV 60mA neon transformer, which is easily capable of making a nice white arc. The rods start at about 1/4 – 1/2 inch at the bottom and end at 2 – 3 inches on the top. Microwave oven transformers are not recommended because most provide 2.5KV at 500mA; the voltage is too low to start an arc easily and the current is rather high. I had some luck with using neon transformers at around 5KV, but starting and sustaining an arc is difficult. A 1Meg resistor has to be connected to one of the rods and the other end of the resistor is placed between the rods at the bottom to help start the arc. The rods cannot spread out over an inch with transformers below 9KV or the arc will extinguish prematurely. Below is a basic schematic diagram of the circuit.
Signs-mysign.blogerspot.com
dileeps89@gmail.com
Why Chase A Ghost ?
Oct 21st
Why Chase A Going-to-disappear Ghost ?
Now that the CWG are a ‘success’ and also because India has bagged some medals,
won’t it be in tune with ‘typical’ Indian ethos to celebrate the medals happily and to
‘forget and forgive’ (f-n-f) the mess and all talk of corruption AND the millions ‘swOllOwed’?
Valid reason 1: A poor country, still not out of the woods, can’t afford the
luxury of taxpayers’ money spent on expensive Commissions of inquiry. It is
wiser to save at least the money TO-BE-SPENT on some Hon’ble Commission.
Valid reason 2: Experience tells that nothing is likely to come out (culprits
may only go out) after all the ‘serious’ work by the commission for decades.
Valid reason 3: After all we’re used to this f-n-f in almost all (or is it all?)
earlier scams involving politicians and bigwigs, on some pretext or the other!
Valid reason 4 (must be added): It is common knowledge that
these are only the ‘Games’ of the politicians ‘for their Common Wealth’. Only fools like us do street-corner or lunch-hour discussions on finding and ‘punishing!!!’ the culprits. Some horses (several thousand crores)
have already left the stable and another set will be allowed to leave in course of time as the case proceeded, in
instalments ‘under watchful eyes’.
—————— Ramanathan, Kollam
Mafia Car
Oct 21st
Mafia Car: Miniature Photography
Photo was taken on Sony Cybershot DSC W210. An extra light source was provided with an emergency lamp, covered with white paper.
VIDYUT-2011 Registration is open.
Please visit
